Completar a Hoenn Pokédex em Pokémon Emerald pode ser feito simultaneamente com a National Pokédex. Exige capturar todos os Pokémon do jogo e trocar pelos mais raros. A Hoenn Pokédex ordena pelos starters de Hoenn e continua com os nativos da região. Exemplo: Torchic é #4 na Hoenn Dex e #255 na National Dex.