The Legend of Zelda: The Minish Cap está ligado aos eventos de "Four Swords" e "Four Swords Adventures". A jogabilidade básica é similar a "A Link to the Past" e "Four Swords", mas introduz novos itens, inimigos, chefes e técnicas que impactam sua estratégia.
Dark Nuts só podem ser danificados se atacados pela lateral ou por trás. É mais difícil ficar atrás deles quando dois ou três atacam juntos. A remote bomb (bomba remota), upgrade opcional de Belari, é útil para eliminar vários Dark Nuts de uma vez. Solte uma bomba remota perto do centro da sala onde luta contra eles. Circule a sala até os Dark Nuts ficarem juntos. Eles se movem mais devagar que Link e têm alcance curto, então não é difícil. Quando estiverem juntos, atraia-os para a bomba e detone. A explosão atordoa todos, dando chance de derrotar o grupo de uma vez.
A luta contra o Gyorg Pair é a mais incomum do jogo. Ocorre enquanto você voa pelo ar, com Link usando um dos Gyorgs como plataforma. O outro fica fora da tela a maior parte do tempo, mas ainda pode atacar. O Gyorg voa para um lado da tela e geralmente ataca desse mesmo lado, facilitando antecipar e evitar. Você precisa criar clones para atacar os três olhos do Gyorg vermelho simultaneamente. Ataque os olhos sempre que abrirem para danificar o chefe.
Os Blade Brothers ensinam novas técnicas a Link. A maioria não tem pré-requisitos. Exceções: Swiftblade ensina múltiplas técnicas. Ele ensina o primeiro, Spin Attack (Giro Ataque), quando você o encontra. Você precisa obter Pegasus Boots, Roc's Cape e White Sword antes que ele ensine as outras três. Waveblade não ensina Peril Beam até que a vida máxima de Link seja de pelo menos dez corações. Swiftblade I (personagem diferente) só ensina Great Spin Attack depois que Link aprender todas as outras sete técnicas.
Gregal e o Fantasma é a sidequest que rende o upgrade Light Arrow (Flecha de Luz). Gregal é o homem acamado no Palace of Winds (Palácio dos Ventos). A quest só requer capturar o fantasma pairando perto de Gregal no Gust Jar (Pote de Vento). Diferente das outras sidequests, você pode perdê-la se avançar demais na história. Passar pelas Veil Falls para os Cloud Tops torna a quest inacessível. Não vá aos Cloud Tops antes de fazer esta quest.