Pokémon Yellow Version: Special Pikachu Edition foi o terceiro jogo Pokémon lançado. É uma versão refeita de Pokémon Red e Pokémon Blue. A maioria das mudanças foi feita para torná-lo mais semelhante ao anime de Pokémon. Uma mudança notável foi a inclusão de Pikachu como Pokémon inicial em vez de escolher entre Squirtle, Bulbasaur ou Charmander.
Brock, o primeiro líder de ginásio em Pewter City, geralmente é mais difícil do que era originalmente em Pokémon Red ou Blue. Pikachu é um Pokémon do tipo Elétrico, o que significa que é fraco contra os Pokémon de Pedra e Terra usados por Brock. É possível, mas impraticável, vencê-lo usando apenas Pikachu. Os Pokémon na Rota 2 foram alterados em Pokémon Yellow, o que é uma grande vantagem para esta luta. As versões macho e fêmea de Nidoran podem ser capturadas na Rota 2. Ambos são do tipo Planta, que causam dano extra aos Pokémon de Brock. Capture um ou ambos e suba para o nível 10. Vencerá facilmente a luta do ginásio contra Brock.
Pikachu é o único Pokémon no jogo que tem um stat de Felicidade. Este stat precisa ser de pelo menos 147 para obter Bulbasaur de Melanie em Cerulean City. Depois de obter Bulbasaur, o único efeito perceptível da Felicidade é como Pikachu reage quando você fala com ele. Este stat sobe se Pikachu ganhar níveis. Usar um item em Pikachu, mesmo que não tenha efeito, também aumenta a Felicidade. Colocar Pikachu no PC do Bill para removê-lo da sua equipe ou deixá-lo ser nocauteado diminui a Felicidade. Se você trocar Pikachu para outro jogo Pokémon e trocar de volta, sua Felicidade cairá para 0.
Uma coisa estranha sobre Pokémon Yellow é que um dos Pokémon não capturaláveis nesta versão é Raichu, a forma evoluída de Pikachu. O Pikachu inicial do jogo se recusará a evoluir usando uma Pedra do Trovão. É possível trocar Pikachu para outro jogo Pokémon, usar uma Pedra do Trovão nele para evoluir, e trocar de volta. Isso é altamente desencorajado. Qualquer evento acionado por Pikachu em Pokémon Yellow não será acionado se você evoluí-lo para Raichu. Pikachu pode ser facilmente capturado em qualquer outra versão de Pokémon. É melhor capturar um em outro jogo e trocar para Pokémon Yellow. Apenas o Pikachu inicial se recusa a evoluir. Se você trocar outro Pikachu para o jogo, pode evoluí-lo normalmente usando uma Pedra do Trovão.