Em Super Mario Advance 2, há muitos segredos para descobrir. Com a ajuda de Yoshi, Mario e Luigi partem em outra aventura para derrotar Bowser e salvar a Princesa Toadstool.
Vidas extras ilimitadas podem ser encontradas na fase "Star World 1". Certifique-se de que Mario ou Luigi esteja usando uma capa, então passe pelos blocos amarelos no lado esquerdo da tela. Pegue a primeira tartaruga que aparecer na tela. Jogue o casco da tartaruga para o ar e quando cair, acerte-o com a capa.
Quando Mario pega o power-up da capa, ganha a habilidade de voar. Para decolar, pressione o botão "B" no controle enquanto Mario corre. No final da corrida, pressione o botão "A" para pular e Mario começará a voar. Segure o botão "A" novamente e Mario planar em segurança.
Procure em cada fase do jogo e cinco moedas dragão podem ser encontradas. Quando as cinco moedas são coletadas, Mario ou Luigi ganha uma vida extra.
Se Yoshi for vermelho, ele poderá cuspir fogo quando comer um casco de tartaruga. Yoshi Verde só terá poderes especiais se engolir um inimigo que não tenha casco. Quando Yoshi for azul, ganhará a habilidade de voar.
Cada fase de Super Mario Advance 2 terá duas saídas. A primeira saída é o portão normal no final de cada jogo do Mario. A segunda saída só pode ser aberta se os jogadores encontrarem uma grande chave escondida.