A série Mario evoluiu muito desde seus dias no Nintendo original, e uma das muitas melhorias é uma história em evolução. À medida que você avança no jogo, companheiros se juntam ao seu grupo e você assiste a cutscenes substanciais nas quais Mario interage com seus adversários. Sr. L é um dos principais adversários do jogo, mas antes que tudo termine, ele se tornará seu aliado mais próximo. Conforme você progride, não tem como evitar obtê-lo. Ele se junta automaticamente.
Jogue normalmente até chegar ao Capítulo 6. No final do nível, você será confrontado pelo misterioso Sr. L e seu robô.
Derrote o Sr. L jogando bombas nos pés do robô dele. Não se preocupe com outros tipos de ataques, pois os pés do robô são seus pontos fracos. Em menos de dez ataques, ele será derrotado.
Fuja da cena antes que tudo exploda. Depois, você assistirá a uma longa cutscene, no final da qual o Sr. L desmascarado se juntará ao seu grupo.