A trama da maioria dos jogos Super Mario envolve resgatar a Princesa Peach, capturada por Bowser. Em Super Princess Peach (Nintendo DS), os papéis se invertem: Peach deve resgatar Mario, Luigi e Toad, todos capturados por Bowser. Para vencer, Peach deve derrotar Bowser no Nível 8-6 da Villa de Bowser. A batalha final tem duas fases. Na metade, ele cresce e muda seus ataques.
Pule sobre Bowser quando ele investir. Ele correrá contra uma estátua e a destruirá, liberando o cristal dentro.
Pule na próxima investida. Ataque com seu guarda-chuva. Repita até Bowser ter apenas três pontos de vida restantes.
Desvie da onda criada pelo pisão de Bowser, pilar de fogo e bolas de fogo. Agache sob o raio de fogo. Estes são os únicos ataques nesta fase.
Ataque Bowser com o guarda-chuva até sua vida acabar. Bowser não é derrotado ainda. Inicia a segunda fase.
Evite garras, martelo, bola de espinhos e ataques de fogo. Priorize esquivar em vez de atacar.
Pegue um Bob-omb.
Jogue o Bob-omb no rosto de Bowser. Cronometre para explodir na altura do rosto. Pode levar algumas tentativas.
Repita passos 6 e 7 até Bowser criar um escudo rosa ao redor de si.
Use o Rage Vibe para destruir o escudo.
Repita passos 6 e 7 até Bowser perder toda a vida. Desta vez ele é realmente derrotado.