Cada geração de Pokémon se passa em uma região diferente. "Pokémon Emerald" ocorre em Hoenn, mas é possível desbloquear os três iniciais de Johto (Chikorita, Totodile e Cyndaquil) após completar a Pokédex de Hoenn.
Capture todos os 200 Pokémon de Hoenn para completar a Pokédex (não precisa de Jirachi nem Deoxys).
Vá ao laboratório do Professor Birch em Littleroot Town.
Escolha um dos três iniciais de Johto: Chikorita, Totodile ou Cyndaquil.
Para ter os três, troque com amigos que também tenham Emerald ou, se tiver dois consoles e dois cartuchos, complete a Pokédex várias vezes e troque consigo mesmo.