"The Legend of Zelda: Phantom Hourglass" leva Link através de 30 andares na Torre Espiritual. Link deve adquirir uma chave em cada nível para abrir a porta para o próximo. Cada andar tem monstros e obstáculos que Link deve superar antes de encontrar a chave. A própria chave exigirá um pouco de raciocínio para ser recuperada. Se você não consegue alcançá-la, verifique seu inventário por itens que possam ajudar.
Derrote o Geozard assim que chegar ao sexto andar. O Geozard é fortemente protegido na frente, então você deve atacá-lo por trás para minimizar o dano a Link. Use o Phantom para atacar o Geozard por trás e, quando ele virar para atacar o Phantom, posicione Link para atacar o Geozard por trás. Continue alternando entre Link e o Phantom para destruir o Geozard.
Caminhe até a parte sudoeste do mapa.
Bloqueie a chama que atravessa o corredor enviando o Phantom para ela. O Phantom bloqueará o fogo, e Link poderá passar pela chama sem sofrer dano.
Caminhe para o norte e suba a escada que leva a uma plataforma mais alta.
Derrote o Miniblin. O Miniblin estará no topo de uma estátua e Link não consegue alcançá-lo. Faça Link subir no Phantom para ficar na altura dos olhos do Miniblin. Use a espada de Link para matar o Miniblin.
Caminhe até a extremidade sul da sala.
Suba no Phantom para passar por mais três armadilhas de fogo bloqueando o caminho. As armadilhas são baixas e não atingem Link quando ele está no Phantom. A segunda armadilha é alta o suficiente para atingir Link, mas liga e desliga. Cronometre a armadilha; quando ela desaparecer, corra passando por ela.
Suba até a plataforma e use a habilidade de redemoinho de Link para derrubar a chave da plataforma.
Pegue a chave. Passe por mais duas armadilhas de fogo e use a chave na porta para chegar ao sétimo andar.