"Sonic & Knuckles" (1994, Sega, MegaDrive/Genesis) é continuação de "Sonic 3". Sonic batalha contra Knuckles (equidna vermelho) e depois une forças contra Dr. Robotnik.
Fase inicial: zona florestal em 2 atos. Chão coberto de cogumelos grandes para quicar alto. Sub-chefe: robô lenhador com machado no fim do 1º ato. Chefe do 2º ato: Dr. Robotnik em veículo com espinhos e canhão. Ambos levam 8 hits.
2 atos em fortaleza voadora cheia de robôs e armadilhas elétricas. Enfrenta Robotnik 2x: 1º preso em área pequena com canhão laser móvel no teto; 2º em plataforma externa com Robotnik pendurado em robô cuspidor de chamas. 8 hits cada. Zona inteira cai do céu para próxima.
Deserto com pirâmides e areia movediça. 2 atos: 1º acessa pirâmide vencendo Guardian sub-chefe; 2º dentro da pirâmide assustadora. Robotnik enche pirâmide de areia; Sonic deve derrotar Egg Golem. 8 hits cada.
2 atos em vulcão ativo onde Death Egg caiu. Após armadilhas de lava, enfrenta Robotnik em máquina "invencível" que solta minas. Use minas contra ele, 8 hits para destruir e avançar.
Templo dos Echidnas (povo de Knuckles). Jogando como Knuckles, passa sem chefe. Como Sonic ou Tails, enfrenta o próprio Knuckles. 8 hits para vencer; depois ele se junta quando Robotnik rouba Master Chaos Emerald.
Ruína antiga desmoronando no alto. Knuckles enfrenta chefe final Mecha Sonic (versão metálica de Sonic). Sonic real também luta para progredir. Mecha Sonic ataca: 1º em máquina voadora com flail, 2º em outra máquina, 3º a pé. 8 hits cada vez.
Base espacial do Robotnik. Armadilhas elétricas e gravidade invertida. 2 sub-chefes: olho laser e esfera espinhosa. Chefe final: Great Eggman Robo (formato Robotnik). 16 hits para vencer; lança ao espaço e persegue na próxima zona.
Fase final: jogador em forma Super Sonic contra robô gigante em órbita de Mobius segurando Chaos Emerald. Colete anéis, desvie de mísseis/meteoros voando no espaço, acerte chefe 16 vezes para vencer e zerar.