Em "Pokémon Sapphire", um dos seus objetivos é derrotar a Team Aqua. A Team Aqua quer criar habitats adicionais para Pokémon aquáticos despertando o Pokémon Lendário Kyogre, que pode fazer os oceanos do mundo se expandirem. Isso afogaria cidades e nações. Durante o jogo, você ajudará o Capitão Stern com a construção e defesa de seu submarino. Você será solicitado a recuperar a peça final para terminar a construção para chegar a Kyogre antes da Team Aqua. A peça final necessária para completar o submarino (e avançar para a batalha final com a Team Aqua) é o Scanner.
Vá para Slateport City e visite o Oceanic Museum. Custa $50 para entrar. Você batalhará contra vários Grunts da Team Aqua lá dentro. Derrotá-los lhe dará TM46 ("Thief") e permitirá falar com as pessoas lá dentro. Um dos personagens que você encontra é o Capitão Stern, que mencionará um navio abandonado que contém um scanner marinho avançado. O Capitão Stern é o único personagem no segundo andar do Oceanic Museum. Ele tem cabelo castanho, óculos e está parado na frente de um navio modelo no centro da sala.
Use um Pokémon que saiba "Surf" para surfar de Slateport City até o Abandoned Ship. Após falar com o Capitão Stern, ele estará no seu mapa. Uma vez lá, use a habilidade "Dive" do seu Pokémon para acessar a parte subaquática do navio. Lá embaixo, você encontrará cinco portas trancadas. Para abri-las, caminhe até o ponto brilhante no chão e pressione o botão "A". Isso lhe dará uma chave ou um pedaço de lixo. Se for uma chave, você pode entrar na primeira sala trancada. Se for lixo, um novo ponto brilhante aparecerá. Continue examinando os pontos brilhantes até receber uma chave e poder entrar na primeira sala. Uma vez dentro da primeira sala trancada, continue examinando os pontos brilhantes até obter a chave para a segunda sala. Continue encontrando chaves nas salas restantes. Ao acessar a sala final, você encontrará o Scanner em vez de uma chave. Examiná-lo revelará que é complexo demais para seu personagem operar.
Leve o Scanner de volta a Slateport City e entregue ao Capitão Stern no Oceanic Museum. Ele oferecerá um de dois itens em troca. Um é o DeepSeaTooth, que tem dois efeitos. Enquanto estiver no seu inventário, dobrará a eficácia do ataque especial do seu Clamperl. Se você trocar ou vender, fará Clamperl evoluir para Huntail, um Pokémon semelhante a enguia com ataque muito maior.
O outro item que o Capitão Stern oferece pelo Scanner é o DeepSeaScale. O DeepSeaScale funciona como o DeepSeaTooth. Quando segurado no inventário, a defesa especial do Clamperl é duplamente eficaz. Quando trocado ou vendido, Clamperl evoluirá para Gorebyss, um Pokémon semelhante a enguia com defesa muito maior.