Apesar de ser um remake dos jogos originais "Pokemon Red" e "Pokemon Blue", "Pokemon LeafGreen" também adiciona conteúdo original, como as Ilhas Sevii. Estas sete ilhas oferecem novos desafios, como ajudar Celio, um programador Pokemon, a reconstruir sua máquina de troca. Para completar a máquina, Celio precisa tanto de um rubi quanto de uma safira.
Depois de derrotar a Elite Four e ser coroado campeão Pokemon, obtenha a National Dex do Professor Oak em Pallet Town. Se você obteve mais de 60 Pokemon, Oak atualiza sua Pokédex para National Dex, permitindo capturar 236 Pokemon adicionais. Uma vez completo, fale com Bill no Centro Pokemon de Cinnabar Island. Selecione "Sim" para a oferta dele de levá-lo às Ilhas Sevii em seu barco. Bill o leva à Ilha Um, onde você encontra Celio, um programador Pokemon trabalhando em uma máquina de troca. Porém, para alimentar a máquina, Celio precisa de dois itens: um rubi e uma safira — ambos encontrados nas Ilhas Sevii.
O rubi pode ser obtido na Ilha Um e é necessário para obter a safira. Use um Pokemon que saiba Surf para atravessar o oceano ao sul da Ilha Um até Mt. Ember, a localização do rubi. Uma vez dentro de Mt. Ember, fale com os dois membros da Team Rocket à sua direita. Derrote ambos em batalha e siga a rota que eles guardavam, usando um Pokemon que saiba Força para mover os blocos no seu caminho. Ao chegar a um cruzamento, escolha a rota sul para localizar o rubi. Devolva o rubi para Celio na Ilha Um e Bill atualiza seu Tri-Pass, recebido automaticamente quando você chegou às Ilhas Sevii pela primeira vez, para um Rainbow Pass. Isso permite visitar qualquer ilha na cadeia das Ilhas Sevii.
Para obter a safira, viaje à Ilha Seis usando o barco de Bill. Saia da cidade da Ilha Seis pela saída oeste para viajar ao Vale Ruína. Desça o buraco no Vale Ruína para revelar a safira. Porém, um membro da Team Rocket rouba a safira antes que você possa obtê-la. Viaje à Ilha Cinco e entre no depósito da Team Rocket; você precisa de uma senha para entrar, mas a primeira parte é obtida ao conseguir o rubi e a segunda parte obtida imediatamente após a safira ser roubada. Derrote todos os membros da Team Rocket no depósito para obter a safira. Volte à Ilha Um e dê a safira para Celio.
Após dar tanto o rubi quanto a safira para Celio, sua máquina de troca se torna completamente operacional; você ganha a habilidade de trocar com "Pokemon Ruby", "Pokemon Sapphire" e "Pokemon Emerald". Você pode fazer isso em qualquer Centro Pokemon usando o mesmo método de trocar com "Pokemon FireRed". Além disso, a Caverna Cerulean, localizada a noroeste de Cerulean City, agora pode ser entrada. Lá você encontra vários itens, como MT24 e Doce Raro, e o Pokemon mais forte do jogo que você pode capturar: Mewtwo, um Pokemon lendário Psíquico Nível 70.