Após os jogadores completarem o jogo "Pokémon Silver Version", ainda há mais o que fazer. Ao reiniciar o jogo, os jogadores recebem um item do Professor Elm chamado S.S. Ticket (Bilhete S.S.), que podem trocar por uma viagem grátis à região de Kanto. Kanto é uma terra que os jogadores podiam acessar normalmente em "Pokémon Red Version" e "Pokémon Blue Version".
Após derrotar a Elite Four e Lance no final de "Pokémon Silver Version" e esperar os créditos, "The End" aparecerá na tela. Pressionar "A" retoma o jogo. O Professor Elm ligará e convidará para visitar seu laboratório. Uma vez no laboratório, falar com o Professor Elm concede ao jogador o S.S. Ticket.
Para chegar ao S.S. Aqua, os jogadores devem viajar para Olivine City, no canto noroeste de Johto. Lá, devem ir à parte sul da cidade onde ficam os docas e encontrar o marinheiro esperando. Ao falar com ele, ele perguntará se o personagem do jogador quer embarcar no navio. Selecionar "Sim" faz o personagem mostrar o S.S. Ticket, dando acesso. O marinheiro então levará o personagem ao navio e o enviará em sua viagem.
Uma vez no navio, os jogadores podem explorar. Durante a exploração, encontrarão um homem cuja neta está desaparecida. Enquanto procuram a menina, enfrentarão oito treinadores Pokémon diferentes no navio e ganharão dinheiro extra. Quando encontrarem a menina e a levarem de volta ao avô, ele lhes dará o Metal Coat (Capa Metálica) como recompensa. O Metal Coat aumenta ataques de qualquer Pokémon do tipo Aço do jogador.
Enquanto em Kanto, os jogadores podem revisitar locais antigos dos jogos originais "Pokémon Red Version" e "Pokémon Blue Version" como Saffron City, Pewter City e o Fighting Dojo, e encontrar Pokémon como o Snorlax dormindo perto de Viridian City. No ginásio de Saffron City há cinco treinadores Pokémon para batalhar que todos usam Pokémon psíquicos. Treinadores Pokémon também residem em Cerulean Cape e Rota 9.
Para voltar a Johto, os jogadores devem retornar aos docas de Viridian City no domingo ou quarta-feira. Na volta, podem lutar contra os treinadores do navio novamente e ganhar dinheiro extra.