"Phantom Hourglass" usa a tela de toque e stylus do DS para resolver puzzles. Um exemplo é o puzzle da marca sagrada na porta vermelha no Templo do Rei Oceano.
Vá ao 6º subsolo do Templo do Rei Oceano e note a grande porta vermelha na primeira sala. Ao examiná-la, será pedido para desenhar a marca sagrada, mas não examine ainda.
Abra o mapa e veja o layout dos andares. Mentalmente, rotule a sala noroeste como "1". A leste, nordeste como "2". Sudoeste "3" e sudeste "4". Feche o mapa.
Examine a porta vermelha para iniciar o desenho. A marca é uma ampulheta e deve ser desenhada em um traço contínuo. Não levante o stylus da tela ao começar.
Desenhe linha horizontal conectando salas 1 e 2, depois diagonal conectando 2 e 3. Outra horizontal conectando 3 e 4, e finalmente diagonal conectando 4 e 1. O desenho formará uma ampulheta e a porta abrirá.