Depois de uma longa jornada de vingança , Ezio Auditore luta contra seu caminho para a Capela Sistina. Seu inimigo , Rodrigo Borgia, tornou-se o papa Alexandre VI e adquiriu a equipe do Éden. Mesmo que Ezio detém a Maçã do Éden, um artefato rival, Borgia bests ele, toma a Apple e esfaqueia Ezio . Enfraquecido , Ezio segue Borgia no Vault, e ele bate Borgia em uma briga . Ezio se recusa a matar Borgia , afirmando que matar o espanhol não vai trazer sua família de volta .
Os que vieram antes
Deixando para trás Borgia , Ezio usa os pedaços de éden, para ter acesso ao Vault . Lá dentro, ele encontra um holograma de uma mulher que se chama Minerva. Minerva explica que ela é um dos que vieram antes , uma espécie humanóide misterioso que veio para a Terra quando a humanidade era jovem. Os que vieram antes fabricado os Pieces of Eden para controlar a raça humana. No entanto, alguns seres humanos eram imunes aos efeitos as peças ", e eles roubaram uma Piece of Eden para começar uma guerra contra seus controladores. Minerva também falou de um desastre no passado, que destruiu grande parte da população da Terra , e advertiu Ezio que isso iria acontecer novamente. Minerva então se dirigiu Desmond Miles, que está revivendo memórias de Ezio séculos mais tarde. O holograma desaparece, deixando Ezio com mais perguntas do que quando entrou .
Os Assassinos Foge
Voltar em 2012 , Desmond descobre que o esconderijo assassino foi comprometida . Agentes de Abstergo estão caindo sobre os assassinos , então Lucy Stillman , um dos parceiros de Desmond , dá-lhe uma lâmina escondida semelhante ao Ezio usado na Renascença . Com ele, Desmond luta com os guardas Abstergo e escapa Warren Vidic , um dos executivos da Abstergo . Desmond e seus colegas escapar a facilidade em uma van . Enquanto eles estão fugindo , Desmond vai voltar para o Animus para procurar memórias de Ezio , enquanto seus parceiros discutir as palavras de Minerva .
A Verdade
Se o jogador tiver terminado Assunto lado 16 de quest, então o jogador é recompensado com a verdade. A Verdade é um vídeo onde dois seres humanos que se identificam como Adão e Eva são vistos no que é , presumivelmente, o Jardim do Éden. No interior do edifício que Adão e Eva estão subindo é uma figura que é visto usando uma Piece of Eden para controlar os humanos . No topo, Eva se vira para Adam e indica uma Piece of Eden em suas mãos. Adam chama o nome dela, e Eva adverte Adam sobre algo que está perseguindo eles. O vídeo , em seguida, corta para preto, e um código binário ortografia " EDEN " pode ser visto.