O final está cheio de intriga, mistério e revelações. Completar missões secundárias responde perguntas mas levanta mais. Termina em cliffhanger.
Ezio Auditore chega à Capela Sistina. O inimigo, Rodrigo Borgia, é agora Papa Alexandre VI e tem o Cajado do Éden. Ezio tem a Maçã do Éden, mas Borgia vence, toma a Maçã e esfaqueia Ezio. Enfraquecido, Ezio segue-o ao Cofre e vence num combate corpo a corpo. Recusa matar Borgia: "matar o espanhol não trará a família de volta".
Ezio usa as Peças do Éden para entrar no Cofre. Encontra holograma de Minerva, uma d'Os Que Vieram Antes, espécie humanóide que veio à Terra quando a humanidade era jovem. Criaram as Peças do Éden para controlar humanos. Alguns humanos imunes roubaram uma Peça e guerrearam contra eles. Minerva fala de catástrofe passada que dizimou a população e avisa Ezio que acontecerá de novo. Dirige-se a Desmond Miles (séculos depois). Holograma desaparece, deixando mais perguntas.
Em 2012, Desmond descobre que o esconderijo foi comprometido. Agentes da Abstergo atacam. Lucy Stillman dá-lhe uma hidden blade igual à de Ezio. Desmond repele guardas e escapa de Warren Vidic. Fogem numa carrinha. Enquanto fogem, Desmond volta ao Animus para explorar memórias de Ezio enquanto os colegas discutem as palavras de Minerva.
Se completou a side quest do Subject 16, desbloqueia The Truth: vídeo onde Adão e Eva (presumivelmente Jardim do Éden) sobem num edifício. Uma figura usa Peça do Éden para controlar humanos. No topo, Eva mostra uma Peça a Adão. Algo persegue-os. Vídeo corta para código binário "EDEN".