Ao completar a missão final e assassinar Al Mualim em Assassin's Creed, você assiste à cena final e pode usar a Eagle Vision com Desmond. Isso revela mensagens ocultas deixadas pelo seu predecessor — símbolos ou cifras que revelam uma nova camada da trama. Existem algumas coisas a fazer após decodificá-las, que prenunciam os jogos posteriores.
Vá ao quarto de Desmond após decodificar os símbolos na parte principal do laboratório para desencadear os créditos finais. Vá ao pé da cama e pressione o botão usado para a Eagle Vision de Altair no Animus — Triângulo (PS3) ou Y (Xbox 360). Ao olhar a parede atrás da cama com a Eagle Vision, Desmond fala e os créditos rolam. Ao terminar, você retoma o controle de Desmond.
Quando a história principal acaba, você pode entrar no Animus e rejogar qualquer missão de Altair. Aproxime-se e pressione o botão para entrar no Animus — X (PS3) ou A (Xbox 360). Use a interface virtual para selecionar a missão, indo à tela de carregamento. Aproveite para encontrar as bandeiras restantes nas cidades ou completar mais missões secundárias.
Ao recuperar o controle de Desmond após os créditos, acesse o e-mail da Lucy como antes. Muitas mensagens são as mesmas, mas nas mensagens deletadas há novas. Presumivelmente, são dos assassinos que tentaram resgatá-lo no final. Para decifrar, use todas as letras maiúsculas para formar uma mensagem secreta.
Só funciona se você roubou a caneta do Vidic após completar o Memory Block 4 (quando matou Majd Addin) e leu os e-mails da Lucy. Pode roubar a caneta logo pela manhã antes de iniciar Memory Block 5, 6 e 7 — ganhará a caneta com a senha do computador dele. Leia os e-mails para saber mais sobre Abstergo, os Templários, o Animus e seus efeitos colaterais.
A sala de conferência fica à esquerda do quarto de Desmond e tem outro terminal acessível após ver os créditos. Você deve ter roubado a caneta do Vidic e lido o e-mail da Lucy para acessar a sala e seu terminal. Leia os e-mails para saber mais sobre a Abstergo.