"Halo Wars" possui quatro níveis de dificuldade para o modo campanha: Fácil, Normal, Heroico e Lendário. A seleção de dificuldade modifica vários aspectos das forças do jogador e da IA. A maioria das conquistas pode ser obtida em qualquer dificuldade, mas algumas exigem Heroico ou Lendário.
Dificuldade padrão. Todas as outras são modificadas em relação a esta. Unidades do jogador e inimigas funcionam com seus stats reais sem modificadores. Projetada para que jogador de habilidade média complete a campanha.
Funciona diferente de outros jogos da série. Inimigos têm significativamente menos escudo e vida, tornando-os mais fáceis de matar. Armas inimigas causam menos dano. Em "Halo 3" e "Halo: ODST" não se podia ganhar a maioria das conquistas no Fácil. "Halo Wars" não segue essa regra: você pode ganhar todas as conquistas não restritas a Heroico/Lendário e encontrar todos os itens desbloqueáveis no Fácil. Não há redução de pontuação, sendo a melhor dificuldade para altas pontuações.
Ligeiramente mais difícil que Normal. Inimigos aguentam mais dano e causam mais dano. Diferente de "Halo 3" e "Halo: ODST", não há bônus de pontuação. Algumas conquistas só podem ser obtidas no Heroico. Projetada para ser vencida na primeira jogada por jogador acima da média.
Dificuldade mais difícil. Bônus de vida e dano dos inimigos aumentam ainda mais. Inimigos adicionais aparecem, incluindo Shades e Mega Turrets, que normalmente não surgiriam. IA mais agressiva, atacando mais cedo. Várias conquistas só podem ser obtidas vencendo no Lendário. Sem bônus de pontuação.