Pokémon Sapphire é um RPG para Game Boy Advance lançado junto com Pokémon Ruby. Você joga como um treinador que captura Pokémon selvagens e batalha contra outros treinadores. A Team Rocket, antagonista dos jogos anteriores e do anime, não aparece neste jogo, mas a Team Aqua sim. A Team Aqua tem duas bases escondidas que você pode encontrar.
Você verá uma ilha.
Esta é a base da Team Aqua na ilha.
Entre na água e nade para baixo até encontrar uma caverna na parede. Nade para dentro da caverna: este é o segundo esconderijo da Team Aqua.
Nota: Você precisa ter a HM Surf e ter derrotado o líder de ginásio de Mossdeep para acessar a área subaquática.