Como você é o protagonista principal de "Pokémon Emerald", seu trabalho é salvar o mundo de Groudon e Kyogre. Durante sua missão, você precisará se infiltrar no Esconderijo da Team Aqua, localizado a leste de Lilycove City, após deixar Mt. Pyre. Você batalhará contra oito Aqua Grunts e um Aqua Admin lá dentro. Enquanto você está distraído vencendo todos no Esconderijo da Aqua, Archie usará a Red Orb para fazer Kyogre fugir. No esconderijo, você também encontrará a única Master Ball do jogo.
Obtenha as insígnias Stone, Knuckle, Dynamo, Heat, Balance e Feather dos primeiros seis líderes de ginásio de Hoenn. Vá a Lilycove City, a maior cidade de Hoenn, correndo a leste da Rota 121. Lute contra May na Lilycove Department Store.
Use Surf até o Mount Pyre, localizado na Rota 122. Entre na montanha pela entrada sul. Lute contra os Treinadores Pokémon e chegue ao topo da torre subindo as escadas. Volte ao primeiro andar do Mount Pyre.
Saia pela entrada esquerda e suba a montanha. Lute contra os Capangas da Team Aqua no caminho para o topo do Mount Pyre. No topo, pegue o Magma Emblem na Item Ball. Vá à Base Secreta no Mount Chimney. Derrote os Capangas da Team Magma e Maxie após ele acordar Groudon.
Vá a Slateport City e fale com o Capitão Stern. Volte a Lilycove City após Archie anunciar seus planos de roubar o submarino. Viaje para leste em direção à parte norte da praia. Você verá a entrada do esconderijo da Team Aqua. Use Surf para norte por alguns segundos para chegar ao esconderijo da Team Aqua.