A Equipe Aqua são os vilões em "Pokémon Emerald" para Game Boy. Você batalha eles em vários locais, mas um grande confronto é no esconderijo perto de Lilycove City. A entrada está bloqueada inicialmente, mas abre após rastrear o líder, Archie.
O esconderijo fica perto de Lilycove, a leste de Hoenn. Vá leste até a praia e use Surf de um Pokémon para ir norte pela água até uma caverna. É a entrada, mas dois recrutas bloqueiam a porta. Se falar com eles, revelam onde está Archie.
Vá a Slateport City, ao sul de Hoenn, e ao porto no norte. Após falar com o NPC bloqueando a porta, Capitão Stern, ouve Archie falando por megafone de dentro do submarino no cais. Descobre que a Equipe Aqua planeja roubar o submarino.
Capitão Stern se move, desbloqueando a porta para você entrar no porto e chegar ao submarino. Assim que sobe a rampa e entra, Archie foge, voltando ao esconderijo de Lilycove.
Volte a Lilycove, vá leste e surfe até o esconderijo. Os dois recrutas saíram da porta, então pode entrar. Após batalhar recrutas e o Admin Matt, Archie foge de novo no submarino roubado. Deve persegui-lo para o confronto final.