Jogadores de Pokémon Emerald devem salvar Kyogre da Team Aqua para impedi-los de inundar o mundo. Para resgatar Kyogre nesta aventura de Game Boy Advance, você deve encontrar o esconderijo subaquático da Team Aqua e derrotar o líder da equipe. Não poderá começar a quest para salvar Kyogre até derrotar a Team Magma e obter o Magma Emblem.
Vá à baía em Lillyport e encontre uma caverna. Este é o esconderijo da Team Aqua. Dois guardas barrarão a entrada e dirão que o chefe, Archie, foi a Slateport roubar um submarino.
Vá ao porto em Slateport City e fale com o Capitão Stern. Enquanto conversa, Archie roubará o submarino do capitão.
Volte à caverna em Lillyport. Os guardas sumiram. Entre na caverna e atravesse o labirinto. No final, derrote o membro da Team Aqua, Matt, e veja Archie fugir no submarino.
Vá a Mossdeep City e derrote o Líder de Ginásio. Depois ajude Steven a repelir atacantes no Space Center. Vá à casa de Steven e ele lhe dará a habilidade "Dive" (Mergulho).
Pegue a Rota 127 ao sul de Mossdeep e use "Surf" até entrar em águas escuras. Use "Dive" e encontrará uma caverna escondida debaixo d'água.
Entre na caverna e derrote todos os membros da Team Aqua. No final, verá Kyogre dormindo. Archie aparecerá e desafiará para batalha. Após vencer Archie, ele tenta acordar Kyogre, e Kyogre desaparece.