Mossdeep City é uma grande cidade introduzida nas versões "Sapphire", "Ruby" e "Emerald". Fica em uma ilha, habitada principalmente por mergulhadores. Atrações principais: Centro Espacial (Space Center), Game Corner (apenas em "Emerald") e Ginásio Pokémon liderado pelos gêmeos Tate e Liza. Mossdeep também abriga o presidente da Devon Corporation, Steven Stone, que dá HM08 após o jogador derrotar Team Aqua ou Team Magma no Centro Espacial. Moradores dão dicas úteis, como localização da base secreta e Pokéblocks preferidos.