Logo após você capturar ou derrotar o Gyarados Vermelho, Lance, o mestre dragão e membro final da Elite Quatro, pede que você investigue os problemas que os Pokémon no lago perto de Mahogany Town têm experimentado. Como você pode ter adivinhado, a Team Rocket está por trás de tudo, e se torna seu trabalho passar pela sede deles e derrotar os líderes da Team Rocket. A sede é um labirinto de três andares localizado sob a Poké Mart sem identificação em Mahogany Town, cheio de portas trancadas protegidas por senha. Para obter as senhas, você precisará derrotar vários treinadores pelo caminho.
Passe pela estátua de Persian para desencadear duas batalhas com Grunts da Rocket, então vire à esquerda seguido de direita. Desça e derrote o Cientista para usar o computador. O computador permitirá que você desligue o sistema de segurança da estátua.
Volte para cima, então vire à esquerda e derrote o Cientista que encontrar. Você chegará a um campo cheio de armadilhas, passado o qual você deve pegar o conjunto de escadas para o Subsolo Um.
Fale com Lance para curar seus Pokémon, então derrote os dois Grunts para receber sua primeira senha. Caminhe para leste e desça as escadas para chegar ao Subsolo Dois.
Fale com Lance novamente se precisar curar seus Pokémon, então vá para norte e derrote o Cientista e Grunt da Rocket para obter sua segunda senha. Daqui, mova-se para o canto nordeste do subsolo e suba as escadas.
Caminhe para oeste até alcançar um Grunt, que você deve derrotar, então desça as escadas novamente. Daqui pegue o próximo lance de escadas, que você verá imediatamente, para chegar a um conjunto de portas trancadas. Use sua senha aqui para ser admitido na sala onde você lutará contra os chefes e finalmente deixará a Sede da Team Rocket.