Voe para Pacifidlog Town quando atingir nível 70. Vá à seção da costa leste da cidade. Troque seu Pokémon principal por um que saiba Surf.
Use Surf e viaje leste para a Rota 131. Vá norte pela rota até a praia. Entre na caverna e siga o caminho até ficar em frente ao Pilar do Céu (Sky Pillar).
Suba ao topo do Pilar do Céu. Ao subir, verá ladrilhos rachados no 2º e 4º andares. Eles cedem, fazendo cair. Para passar, use a Mach Bike para passar por cima das rachaduras.
Chegue ao topo do Pilar do Céu e encontrará Rayquaza no centro. Aproxime-se e pressione "A" para iniciar a batalha.
Ataque com movimentos como Onda de Trovão (Thunder Wave), Hipnose ou Paralisar para enfraquecer. Continue até a barra de vida ficar vermelha.
Jogue uma Poké Ball, como Ultra Ball, para capturar Rayquaza.