Mewtwo está na Cerulean Cave, mas os pré-requisitos mudaram em relação ao Red original. O layout da caverna também é diferente.
Entre na Cerulean Cave (fora de Cerulean City). Requisitos acima devem estar cumpridos.
Use Surf para entrar na água.
Surfe para o extremo oeste da caverna. Ignore saídas de água.
Saia da água no lado oeste, ao sul.
Suba as escadas para a plataforma leste.
Passe pela primeira escada na plataforma leste.
Suba a segunda escada (em plataforma separada). Chegará ao segundo andar.
Vá à escada no lado oeste. O caminho só permite a escada correta.
Desça a escada para voltar ao primeiro andar.
Desça a escada logo ao sul para ir ao subsolo.
Siga o único caminho até as escadas que descem à água.
Use Surf novamente.
Surfe para a plataforma a oeste.
Fale com Mewtwo para iniciar batalha.
Use a Master Ball. Captura garantida sem precisar enfraquecer.