Mewtwo é o Pokémon final em batalha relacionada à história em "Pokémon Blue". Fica no final da Dungeon Desconhecida (Unknown Dungeon), aberta após derrotar a Elite Four. Tipo Psíquico, nível 70, conhece Swift, Barrier, Psychic e Recover. Estatisticamente o melhor do jogo.
Coloque uma Master Ball no 6º slot da mochila. Fale com o homem em Viridian City que ensina a capturar. Diga "Não" e voe imediatamente para Cinnabar Island. Surfe na costa direita até encontrar MissingNo (ou 'M' com símbolos). Fuja da batalha. Você terá 99 Master Balls no 6º slot. Essenciais contra Mewtwo.
Com o MissingNo Glitch, aparecerão Pokémon selvagens acima do nível 100 na costa. A espécie depende das letras do seu nome. Para Mewtwo de nível alto, nomeie seu personagem: DxDyDzD.
Mewtwo é fraco contra inseto (Bug), mas esses são raros e ele vence antes de causarem dano. Mewtwo usa Recover para curar. Altere seu status para algo que não cura: sono, paralisia ou congelamento. Articuno com Blizzard/Ice Beam funciona bem. Ataque até HP baixo e lance Ultra Balls (Great Balls funcionam, mas menos eficaz).