Magnus Gallant, novo oficial da Divisão Sul do Reino, conhebe o oficial Diomedes Rangue e o conselheiro Hugo Miller, e são enviados para lidar com bandidos na Mina Theodricus. Magnus assume o comando, irritando Dio, que o desafia. Hugo interrompe a briga e vão juntos à mina. Ao derrotar os bandidos, Magnus descobre que eram distração para um exército revolucionário tentando assassinar o Príncipe Yumil, velho amigo. Magnus corre para salvá-lo e captura o rebelde. Ordenado a executá-lo pelo superior Rhade, ele se recusa. O rebelde é resgatado por aliados, e a atividade rebelde se intensifica.
Magnus é enviado para subjugar rebeldes pelo General Godeslas, conhecendo a oficial Leia Silvis. Após mais missões, incluindo escoltar Yumil e derrotar Debonair dos Zenobianos, Magnus duvida da retidão de sua missão. É enviado para capturar o líder rebelde Frederick. Ao capturá-lo, liberta-o em vez de executar e desert para o Exército Revolucionário com Leia e Dio. Frederick lhe dá um posto. Ao guerrear contra os Palatineanos, descobre que Godeslas usa frutos amaldiçoados do submundo para transformar soldados em monstros. Magnus derrota Godeslas e liberta a região sul em nome da revolução.
Magnus e o Exército Revolucionário marcham a oeste contra a Divisão Oeste, confrontando seu pai Ankiseth. Liberta o povo Nirdamês da escravidão do Império Sagrado Lodis. O próprio Lodis entra na guerra contra os revolucionários. Ao atacar Westinus, Magnus tenta fazer paz com a Divisão Oeste e seu pai, mas Yumil é preso por traição. Ankiseth e Magnus tentam resgatá-lo, falham, e Ankiseth junta-se aos revolucionários.
Devido às falhas em suprimir os revolucionários, Palatinus perde autonomia para o Império Lodis, para consternação do Rei Procus e Príncipe Amirius. Magnus marcha a leste rumo à Igreja Ortodoxa Oriental, descobrindo que um soldado oriental corrompido pela Aura Infernal fez a região ser tomada pelo Império. Ambos Palatineanos e forças Lodis, liderados por Baldwin Glendale, buscam uma fonte de poder supremo no Templo de Berthe. Finalmente, é Yumil, forçado a comer Fruto do Submundo, quem o encontra. Ele abre um portal para o inferno e invoca demônios, proclamando-se Rei do Submundo. Magnus luta para fechar o portal, mas Yumil escapa.
Rei Procus e Príncipe Amrius sucumbem à Aura Infernal e usam esse poder para expulsar forças Lodis enquanto Magnus marcha à capital. Derrotando Amrius no Forte Rômulo, Magnus encontra Yumil novamente com os Cavaleiros de Danika, deusa do submundo. Derrotando-o em Winnea, descobre que Yumil é a Criança da Aliança, preço que seu ancestral pagou por poder supremo. Magnus tenta desviar Yumil do caminho das trevas, mas antes que o príncipe se arrependa, é morto por Mari, sua própria serva. Magnus continua contra demônios e o Império Lodis. Chegam às ruínas de Keryoleth, e Mari liberta acidentalmente Danika do selo, inundando a região com poder sombrio. Magnus consegue derrotar Danika e fechar o portal para o submundo.
Ao derrotar Danika, o poder do submundo a deixa, e ela agradece Magnus por libertá-la e parte. Frederick é coroado rei e Magnus torna-se seu maior general. Dependendo do desempenho, Magnus pode tornar-se rei quando Frederick cair em batalha contra bárbaros orientais. Se for mal, Magnus é expulso e atacado pelos Zenobianos, e o reino cai sem ele.