O jogo de cartas colecionáveis Naruto consiste em diferentes rotinas e técnicas. No anime, o ninja Naruto Uzumaki almeja se tornar o Mestre Ninja Supremo, o "Hokage". No jogo, os jogadores testam talentos e técnicas batalhando com cartas Naruto Ninja, Jutsu e Missão.
Compre um Deck de 50 Cartas Naruto e moedas do Naruto Collectible Card Game de revendedor que ofereça esses produtos. O deck inclui Cartas Ninja, Jutsu e Missão necessárias. Os jogadores embaralham seus decks de 50 cartas e colocam na área de deck do tapete de jogo Naruto, virados para baixo.
Coloque uma moeda Naruto sobre o número "0" no indicador de turno do tapete, na parte inferior, e vire uma moeda para determinar quem joga primeiro. Quem joga primeiro recebe o papel "Atacante" e o outro "Bloqueador".
Escolha uma carta Ninja (do deck de cada jogador) que contenha Custo de Entrada com valor menor ou igual ao número do Indicador de Turno. O Custo de Entrada está impresso abaixo da imagem em cada carta Ninja. Coloque a carta escolhida na parte de vila do tapete. O número de Custo de Mão, impresso perto do Custo de Entrada, indica quantas cartas Ninja devem ser removidas do deck e colocadas na área "Chakra" marcada no tapete.
Escolha uma carta Missão (do deck de cada jogador) com Custo de Entrada menor ou igual ao número do Indicador de Turno. Coloque a carta Missão escolhida na parte de vila do tapete. O número de Custo de Mão, impresso pelo Custo de Entrada, indica quantas cartas Missão remover do deck e colocar na área "Chakra".
Pegue uma carta Jutsu e uma carta Ninja do deck de cada jogador. Para jogar com cartas Jutsu, encontre o Custo Jutsu, número abaixo do nome de cada carta Jutsu. Remova a quantidade de cartas Jutsu (mesma quantidade do Custo Jutsu) da área "Chakra" e coloque na "Pilha de Descarte" marcada no tapete.
O jogador que não tiver nenhuma carta Naruto Collectible Card perde. Quando nenhum dos jogadores possuir uma única carta, o jogador com papel "Atacante" perde.