Naruto: Ultimate Ninja 3 é um jogo de luta de ação desenvolvido especificamente para PlayStation 2. Nele, você controla um sortimento de ninjas e batalha em um plano bidimensional. Baseado no popular desenho Naruto, existem alguns segredos no jogo que permitirão conquistá-lo e dominá-lo.
Existe um código oculto que permite a qualquer um desbloquear todos os personagens do jogo usando uma sequência de botões. Para fazer isso, primeiro vá ao menu principal do jogo. A partir daí, segure simultaneamente R1 e R2 juntos, e então em sequência pressione Quadrado, Triângulo, Quadrado, Triângulo. Solte os botões, e então segure L1 e L2 ao mesmo tempo. Enquanto segura os dois botões, pressione Direita, Cima, Direita, Cima. Solte esses botões também. Para finalizar o código, pressione para baixo em ambos os analógicos ao mesmo tempo. Um som soará, permitindo que todos os personagens sejam usados no jogo.
Pergaminhos no jogo são usados para desbloquear novas técnicas de luta para o jogador usar com seus personagens. Existe uma forma de coletar uma quantidade ilimitada de pergaminhos. Usando seu personagem no modo de jogo "Heroes Mode", vá à casa do Iruka-Sensei. A casa dele fica em frente a um prédio chamado "Ichiraku Ramen". Uma vez dentro, fale com ele. Uma vez solicitado, selecione a segunda das duas opções disponíveis, e então selecione a segunda opção novamente. Saia da casa, e você encontrará os pergaminhos no topo da casa. Colete os pergaminhos, e reentre na casa para repetir a atividade quantas vezes desejar.
Existe uma forma de obter cartas de informação Ninja e Ryo (a moeda do jogo) sem jogar uma única fase. Exige, no entanto, ter o jogo anterior da série Naruto. No memory card do seu PS2, tenha um save de Naruto: Ultimate Ninja 2. Inicie o jogo normal Naruto: Ultimate Ninja 3. Você verá uma mensagem dizendo que recebeu 607 Cartas de Informação Ninja e 50.000 Ryo antes do jogo começar.