Embora o PlayStation 3 seja o console mais poderoso do mercado em 2009 e tenha um catálogo crescente de jogos, não está isento de problemas, tendo sido criticado por desenvolvedores por ser difícil de programar e por fãs de jogos de PS2 pela compatibilidade retroativa limitada. Outros reclamam da "luz amarela da morte" e outros problemas.
Sinalizada por uma luz amarela piscando, uma luz vermelha constante e um console inoperante, a luz amarela da morte (YLOD) gerou debate sobre se há uma falha inerente no PS3. A causa exata da YLOD não é clara, e a Sony apenas disse que a luz é um "indicador de falha não específico que pode ser acionado em uma variedade de circunstâncias diferentes". No entanto, segundo uma loja terceirizada que conserta PS3s, a falha YLOD resulta de aquecimento e resfriamento rápido da placa-mãe (causando rachaduras na solda que mantém a placa-mãe unida) ou de uma fonte de alimentação defeituosa.
Enviar seu console para a Sony para reparos custará $150 se a garantia de um ano expirou. Lojas de reparo terceirizadas fazem reparos por menos, e você recebe seu próprio console de volta em vez de um recondicionado, mas os preços variam.
Desenvolvedores reclamaram da dificuldade em programar jogos para o PS3, devido aos seis núcleos de CPU do console. Para usar mais de um desses núcleos, os desenvolvedores devem projetar software usando múltiplas threads de execução governadas por "locks" que garantem que cada thread tenha acesso exclusivo à memória, tornando o programa thread-safe, ou estável.
Embora o Xbox 360 também tenha múltiplos núcleos, aquele console usa DirectX como interface de programação de aplicativos (API) em vez de OpenGL, usado pelo PS3. Desenvolvedores tendem a ser mais familiarizados com DirectX, devido à sua prevalência em jogos para Windows, e assim acham mais fácil trabalhar com ele.
Fãs de jogos de PS2 podem se decepcionar com a irregularidade da compatibilidade retroativa nos vários modelos de PS3. Embora todos os modelos sejam compatíveis com jogos originais de PS, alguns modelos são completamente incompatíveis com jogos de PS2, enquanto outros são totalmente compatíveis e ainda mais são apenas parcialmente compatíveis, funcionando apenas com certos títulos.
A tendência desde o lançamento (quando todos os modelos de PS3 lançados tinham alguma forma de compatibilidade retroativa) tem sido uma diminuição no nível de compatibilidade com títulos de PS2 nos modelos subsequentes, com os modelos Slim lançados em 2009 não tendo nenhuma.
Após atualizar para o firmware 3.01, muitos usuários relataram que seus drives Blu-Ray não leem mais discos Blu-Ray, um problema que parece afetar mais usuários com modelos antigos "fat" do que com modelos Slim. A atualização 3.01 foi originalmente destinada a corrigir problemas que a atualização 3.0 causou para muitos jogadores jogando "Uncharted: Drake's Fortune".
Usuários também relataram incapacidade de reproduzir discos Blu-Ray devido a falha no laser, problema que também parece afetar principalmente modelos anteriores de PS3. Os problemas restantes estão largely relacionados a áudio e vídeo, com usuários relatando áudio distorcido (possivelmente resultante de cabos ou conectores HDMI ruins), vídeo e áudio distorcidos e barras horizontais e zumbido causados por loop de aterramento, que ocorre quando tanto seu PS3 quanto a TV estão aterrados — seu PS3 pelo terceiro pino do cabo de energia e sua TV por um terceiro pino ou cabo coaxial. O problema do loop de aterramento pode ser resolvido desconectando o cabo coaxial da TV, que é o método recomendado.