Proto Merkabah é a estação espacial massiva que marca o final de Xenosaga Episode I: Der Wille zur Macht. Shion Uzuki entra nela para deter Albedo Piazzolla. Após escapar no primeiro encontro, Albedo coloca a estação em rota de colisão com a capital da Segunda Milícia. Você deve atravessar a estação até o núcleo para encontrar Albedo e impedir a destruição.