Scooby Doo Clue pega o clássico "quem fez" da Hasbro e dá uma reviravolta de desenho animado. As regras e a jogabilidade deste jogo de tabuleiro permanecem as mesmas do Clue original, mas usa os personagens e armas do desenho animado no lugar do elenco padrão. O objetivo do Scooby Doo Clue é determinar quem é o assassino, onde ocorreu e com qual arma. Scooby Doo Clue é jogado por três a seis jogadores.
Escolha um personagem jogável. A turma do Scooby interpreta os papéis do elenco original do Clue: Srta. Scarlet é interpretada por Daphne, Scooby Doo é Coronel Mostarda, Sr. Green é interpretado por Fred, Velma é Sra. Pavão e Salsicha é Professor Ameixa. Sra. Branca não é representada por um membro da turma do Scooby, mas ainda está disponível para jogar.
Coloque seu peão no espaço inicial correspondente no tabuleiro.
Coloque uma arma em cada um dos nove cômodos. Em vez do castiçal clássico, cano de chumbo, revólver, faca, corda e chave inglesa, Scooby Doo Clue usa a Pistola de Raio do Robô do Parque de Diversões, o Livro de Feitiços da Carlotta, a Corrente do Frankenstein, a Equipe do Médico Bruxo, a Bomba do Palhaço Fantasma e a Espada do Barba Ruiva. Os cômodos nesta edição especial permanecem os mesmos do original, exceto que um cemitério foi adicionado.
Separe as cartas em três grupos: Suspeitos, Cômodos e Armas.
Embaralhe cada grupo separadamente e coloque-os virados para baixo na mesa.
Selecione a carta do topo de cada pilha e, sem olhar, coloque-a no envelope marcado "Confidencial". O envelope agora contém três cartas com as respostas do mistério: Quem, o quê e onde?
Combine os três baralhos e embaralhe novamente.
Distribua todas as cartas para cada jogador, uma por vez e viradas para baixo.
Marque as cartas que você tem na mão no seu bloco de anotações de detetive. Como você tem essas cartas na mão, elas não podem estar no envelope "Confidencial".
Inicie o jogo com a Srta. Scarlet (Daphne). Role os dados e mova o número correspondente de casas. O movimento é limitado a movimentos horizontais e verticais; movimentos diagonais não são permitidos. O objetivo é chegar a um cômodo para que você possa fazer uma sugestão.
Faça uma sugestão se cair em um cômodo. Você deve usar o cômodo que ocupa em sua sugestão. Escolha uma arma e um suspeito para acompanhar o cômodo. Declare quem você acha que cometeu o crime, com qual arma e em qual cômodo (o cômodo onde seu peão está).
Olhe suas cartas se você for o jogador à esquerda do acusador. Se você tiver uma das cartas que ele sugeriu, mostre-a a ele. Ele então marca essa carta em seu bloco. Se você não tiver nenhuma das cartas sugeridas, o próximo jogador à esquerda mostra uma carta, se possível.
Continue movendo-se pelo tabuleiro fazendo sugestões. Quando você estiver confiante — através do processo de eliminação — de quem cometeu o assassinato, com qual arma e onde, você pode fazer uma acusação oficial. Diferente de fazer uma sugestão, você não precisa estar no cômodo do crime para fazer uma acusação.
Olhe no envelope, mas não deixe os outros jogadores verem as cartas. Cada jogador pode fazer apenas uma acusação; portanto, se seu palpite estiver incorreto, você é eliminado do jogo. Se estiver correto, você vence.